工程预算随着我国经济的迅速发展 加强了基本建设力度在取得巨大成就的同时也出现了一些值得重视的问题。如某些施工单位为了追求自身的利益，在基建工程上营私舞弊，频频出现高估冒算的现象。根据以往工作经验，进行工程决算审计常发现的问题有：多列工程项目、工程量不实、高套定额、乱取费用等问题。为了管理好并合理使用基建资金提高投资效益和维护建设方利益加强基建工程决算的审计工作非常重要。开展工程决算审计主要从以下几个方面入手。
工程预算审查结算工程量计算的准确性。根据经过多部门竣工验收而终确认的工程量和工程量计算规则，审查结算工程量的计算。工程量计算的是否准确直接影响着分包工程的计价。因此，在审查工作量时应正确划分项目，按照施工图的设计说明和 规定的计算规则计算，实事求是的反映真实工程量。审查定额子目套用和费率计取的正确性。首先，检查子目列项的名称、规格、计量单位与地区估价表是否一致，定额换算是否准确；其次，查看定额所列工程内容，检查套用的定额是否重复、高套或错套。审查取费标准或综合单价及费率与分包工程合同价格条款约定是否相符，综合费率是否准确，综合单价是否正确，套用综合单价的工程内容是否重复、交叉、错列。
工程预算按照现场地形及种植苗木花草的不同，选择对应的技术措施。对于选择的技术措施，要进行核查。如果选用机械，要核查选用机械的规格参数、工作台班；如果乔灌木在栽植过程中选择支撑，要按不同规格的苗木核查选择支撑的种类，再按支撑的种类汇总数量。生态环境得到了前所未有的重视，为了提高城市的生活质量，政府开始大规模开展绿化建设。由于绿化建设是近些年才开始得到重视，所以在工程预算审计方面存在着一定的问题，绿化建设工程化和普通的建设工程之间有着很大的不同，审计工作人员需要结合绿化工程的实际特点开展工作，才能保证绿化工程预算审计工作质量。
工程预算建筑规模有时也会不一样。比如规划许可证是10000平米，但是招标文件上是10500平米，中标了和你怎么填？填10500平米，那么就会合规划许可证发生冲突，到时候也会领不了。因此如何判定是有意为之要具体分析。审计部门可能会对造价指标进行比较。如多层框架结构（不带地下室）每平米为多少元。可有的时候，招标单位的建筑面积是按照测绘部门提供的数据，而预算的建筑面积的计算方法有的不能和其接轨，难免会产生误差。那么，由此认为就提高了工程预算也是不妥的。